Sibundoy fue conocido por europeos en 1.535, año en que entraron los primeros exploradores españoles comandados por Juan de Ampudia y Pedro de Añasco.
En 1.542 se inició el régimen colonial propiamente para el Alto Putumayo con el Capitán Pedro de Molina y desde entonces se organizó la Encomienda. En 1.547 trajeron la primera noticia de la Buena Nueva los franciscanos Padres Pedro de Rodeñas y Gaspar Valverde Cerón. En 1.558 fue el año del asentamiento definitivo de los misioneros capuchinos en el Alto Putumayo, abarcando los pueblos de Sibundoy, Manoy (hoy Santiago) y Putumayo (hoy San Andrés), que en 1.559 aparecen como una sola encomienda a cargo de Rodrigo Pérez de Zúñiga denominándola la encomienda de Sibundoy.
Veinte años duraron los Capuchinos entre los indígenas Kamentsá e ingas, residiendo en la población principal llamada en las crónicas Sibundoy Grande, en una casita de Paja como las demás y desplazándose periódicamente a las demás parcialidades de la Encomienda.
En 1.859 se creó la Diócesis de Pasto con el encargo expreso de la Misión del Putumayo: Mocoa – Sibundoy. Y el curato fue dirigido por sacerdotes venidos de Pasto.
EL 20 de diciembre de 1.904 la “Misión del Caquetá” es elevada a Prefectura y Sibundoy es elegido como su capital y la Santa Sede nombra al Padre Fidel Montclar como primer prefecto, el midmo que llega a la ciudad el 20 de febrero de 1.906.
El 14 de septiembre de 1.908 llegan los primeros hermanos maristas: Manuel Herodión, Celso y Segundo, quienes el 5 de octubre pusieron a funcionar la escuela de varones en Sibundoy. El 19 de octubre de 1.911 se instalaron en Sibundoy las hermanas franciscanas de María Inmaculada: María Gertrudis, María Reinalda, María Alfonsa y María Sabina y ponen en marcha la escuela de niñas.
El 11 de febrero de 1.919 se creó la Cuasi Parroquia de Sibundoy, con el área actual de San francisco y Colón. El primer Cuasi párroco fue el Padre Andrés de Carmona.
El 31 de Mayo de 1.930, el Papa Pio XI elevó la prefectura del Caquetá a Vicariato Apostólico; nombrando el 11 de Junio como prefecto al Padre Gaspar Monconill, quien sería el Primer obispo que residiría en la capital espiritual del Vicariato: Sibundoy. Monseñor Monconill había celebrado su primera misa el 24 de mayo de 1.914 en la Iglesia doctrinera de Sibundoy que hacia el año 1.917 fue reemplaza por una más grande.
El 4 de abril de 1965 fue bendecida Solemnemente la Iglesia Catedral de Sibundoy, iniciada en 1954, para impulsar la misión y la evangelización en el Putumayo y la Bota Caucana; los planos arquitectónicos fueron realizados por Giovanni Rota y los trabajos fueron dirigidos por el Padre Bartolomé de Igualada.
En 1976 cuando el Vicariato era regentado por los Padres Redentoristas, se consagra la Iglesia Catedral de Sibundoy hasta el momento llamada Parroquia San Pablo de Sibundoy por el Cardenal Aníbal Muñoz Duque. El 29 de octubre de 1999, S.S. Juan Pablo II, la eleva al grado y dignidad de Iglesia Catedral dedicada en honor a San Alfonso María de Ligorio. Esta Catedral es la sede de la nueva Diócesis Mocoa Sibundoy. Así lo hace constar el Secretario de Estado, Ángelo, Cardenal Sodano.
La titularidad de la Iglesia Catedral San Alfonso María de Ligorio fue reafirmada el 10 de noviembre de 2005 por Monseñor Luis Alberto Parra Mora, que es actualmente regentado por sacerdotes diocesanos.
El 02 de febrero de 2019, se retoma el nombre de la Parroquia Catedral San Pablo Apóstol, según decreto No. 123
